Pobieranie DNA uznawane jest za proces o wysokim stopniu inwazyjności. Aczkolwiek najnowsze metody ewoluowały w kierunku jej zmniejszenia (np. pobór próbki przy użyciu plastra na przedramieniu). W związku z tym nowe metody próbkowania uznawane są z nienaruszające społecznych standardów prywatności.
Głównym problem dotyczącym kodu DNA jest to, że zawiera on osobiste dane genetyczne oraz aspekty medyczne danego osobnika. Potencjalnie można więc naruszyć przy jego pomocy sferę prywatności, np. ujawniając czynniki dziedziczne danego człowieka. Jednakże profil DNA jest reprezentowany jedynie ciągiem liczb, więc nie jest z natury niebezpieczny i uznaje się go za neutralny. W kryminalistyce wybór markerów DNA jest wykonywany głównie po to by zachować neutralność. Uporczywie wybiera się na markery te części kodu, które znajdują się pomiędzy regionami kodowanymi(genami).
Jeśli chodzi o koncepcję rasy czy pochodzenia to jest to pojęcie kulturowe a nie biologiczne czy naukowe. Pomimo tego kod DNA potrafi określić miejsce pochodzenia przynajmniej niektórych przodków danego badanego.
Problem prywatności w największym stopniu związany jest z próbkami DNA, które przed dalszą obróbką pozwalają na określenie wielu wrażliwych informacji dotyczących jej dawcy. Kwestie prywatności skupiają się więc na bezpieczeństwie pobranych próbek oraz zapewnieniu ich pełnego zniszczenia po przekształceniu we wzorzec.
Podsumowując główne problemy bezpieczeństwa takich systemów należy zwrócić więc uwagę na implementację mechanizmów bezpieczeństwa w celu osiągnięcia wysokiego poziomu poufności, a także bezpieczeństwa bazy danych DNA. Wydaje się także rzeczą podstawową zapewnienie odpowiednich mechanizmów przechowywania próbek DNA (anonimowe, zaszyfrowane przechowywanie).