Aby wykonać digitalizację genetycznego odcisku palca konieczne jest uzyskanie zdjęcia np. przy użyciu kamery cyfrowej. W związku z czym typowa baza danych tutaj to zbiór zdjęć. Niektóre aspekty jak np. ilość cząsteczek(służących do wyodrębniania odcisku) oraz jakość obrazu powinna podlegać normalizacji, szczególnie jeżeli w przyszłości używane będą programy do ich porównywania.
W przypadku profili DNA baza danych przechowuje dane numeryczne, a bardziej szczegółowo ciągi liczb, które są bezpośrednią reprezentacją profilu DNA. Długość takich ciągów zależy bezpośrednio od ilości loci, które były użyte aby dany profil stworzyć. Najczęściej liczba ta nie jest w danej bazie stała. Także stopień precyzji liczb jest różnorodny. Jeżeli używa się tego rodzaju cyfryzacji konieczne wydaje się ustalenie pewnej standaryzacji, aby porównywanie w przyszłości było zasadne.
Jako przykład można podać USA gdzie uruchomiony został zintegrowany system indeksowania DNA, tzn. CODIS. Ta baza danych przechowuje wzorce DNA. Przy jej pomocy stróże prawa mogą analizować i dzielić się informacjami z innymi służbami. Z kolej w Europie istnieje system zwany European Network of Forensic Science Institute (ENFSI).
Porównywanie wzorców DNA nie jest prostym ani tanim zadaniem w związku ze skomplikowanym sposobem przekształcania próbki we wzorzec. Czas potrzebny na przeprowadzenie weryfikacji nie jest krótki – wynosi nawet kilka godzin. Nawet używając specjalnych markerów DNA (na przykład program CODIS), niektóre części tego procesu nadal są wykonywane ręcznie. Także porównywanie próbek nie przebiega w czasie rzeczywistym. Dodatkowo proces ten wymaga udziału naukowców, ponieważ jest uzależniony od konkretnej wiedzy i umiejętności. Ryzyko porównywania próbek sprowadza się do problemu bliźniąt jednojajowych – których tą metodą rozróżnić się nie da.
W przypadku genetycznego odcisku palca wykorzystywanego w kryminalistyce porównywanie odbywa się przy pomocy wzorców DNA, pobranych z miejsca zdarzenia oraz od ewentualnych sprawców. Proces określania zgodności jest procesem wykonywanym przez człowieka, którego kumputer jedynie wspomaga. Na początku egzaminujący musi stwierdzić zgodność warunków laboratoryjnych z ustalonymi standardami. Następnie egzaminujący musi określić czy wzorce są zgodne biorąc pod uwagę kryteria zgodności. Wreszcie on lub ona musi określić prawdopodobieństwo tego, że wzorce są zgodne (czyli prawdopodobieństwo tego, że ta zgodność nie jest przypadkowa), tzw. współczynnik RMP (random match probability). W przypadku amerykańskiego systemu CODIS w tym miejscu następuje automatyczne przeszukanie baz danych skazańców oraz bazy kryminalistycznej zawierającej dane z miejsc popełnienia przestępstwa.